根据协会章程规定的职责任务，协会设会员代表大会、理事会、监事会、党支部、工会、秘书处、专业委员会、联络机构

一、 会员代表大会

本协会的最高权力机构是会员代表大会，会员代表大会的职权是：
（一） 制定和修改章程；
（二） 选举和罢免理事、监事；
（三） 审议理事会的工作报告和财务报告；
（四） 决定终止事宜；
（五） 决定其他重大事宜。

二、 理事会

理事会是会员代表大会的执行机构，在闭会期间领导本协会开展日常工作，对会员代表大会负责。
理事会由理事组成，理事由会员代表大会选举产生，选举办法由会员代表大会确定。
理事会的职权是：
（一） 执行会员代表大会的决议；
（二） 选举罢免会长、副会长、秘书长和常务理事；
（三） 筹备召开会员代表大会；
（四） 向会员代表大会报告工作和财务状况；
（五） 决定会员的接收和除名；
（六） 决定设立办事机构、分支机构、代表机构和实体机构；
（七） 决定副秘书长、各机构主要负责人的聘任和解聘；
（八） 领导本协会各机构开展工作；
（九） 制定内部管理制度；
（十） 决定其他重大事项。

三、 监事会

为加强内部监管机制，本会设立监事会。监事会设监事长1人，监事2人，由会员代表大会或理事会选举产生，任期和任职条件与正副会长、秘书长相同。     
     本会理事、秘书长、财务人员及亲属不得任监事、监事长。
     监事会行使下列职权：
（一） 监督理事会遵守法律和章程的情况；
（二） 监事列席理事会会议，有权向理事会提出质疑和建议，并可向政府有关部门反映；
（三） 监督本会领导成员工作，对严重不称职的领导成员，可提请理事会予以罢免；
（四） 监督本会的财务管理。有权提请常务理事会对本会的开支情况进行审计；
（五） 监督会员遵纪守法，依法执业，向理事会提出工作改进意见。

四、 党支部

为加强协会党的建设，全面落实从严治党主体责任，坚持党的领导，发挥协会党组织的核心作用，准确把握协会的功能定位，切实做好服务工作，按照广西食品药品监督管理局要求，协会成立了党支部。

五、 工会委员会

2020年10月30日我协会根据上级工会的文件精神，并依据《中华人民共和国工会法》和《中国工会章程》，按照南宁市青秀区中山街道总工会的批复，经民主选举产生第二届工会委员会，其中李鑫同志为工会主席；陈玉娟、刘丽玲、王忠园三位同志为经费审查委员会委员，其中陈玉娟同志为经审委主任；蔡乐、王忠园、李俊桦三位同志为女职工委员会委员，其中蔡乐同志为女职工委员会主任。

六、 秘书处

秘书处内设若干工作部门，由聘用的专职或兼职工作人员组成，负责执行会员代表大会及理事会、常务理事会的决议及本协会的日常工作。

七、 专业委员会

现已成立的专业委员会有广西药师协会药物临床试验专业委员会、广西药师协会合理用药专业委员会、广西药师协会药品流通专业委员会、广西药师协会中药传承与创新研究专业委员会、广西药师协会基层医疗机构药学服务专业委员会、广西药师协会药物警戒专业委员会、广西药师协会家庭药师慢病药物治疗管理专业委员会

八、 联络机构

联络机构由理事会指定的本协会住所外有关理事单位及会员组成，负责协助本协会在全区各地开展活动。协会下设有：协会南宁市联络处、协会柳州市联络处等14个地市联络处。